西黄寺为清顺治九年(1652年)为西藏宗教领袖达赖五世所建的驻锡之所。 乾隆四十五年(1780年)六世班禅在寺中圆寂,乾隆四十七年(1782年)乾隆皇帝建清净化城塔以纪念六世班禅,并将其衣冠经咒安葬于塔内。 清代西黄寺规模宏大,与东黄寺连成一片,是重要的皇家寺庙,由于达赖和班禅先后驻锡于此,在藏传佛教中具有崇高的地位。 清末由于列强侵略等原因东、西黄寺逐渐被毁,现存的寺院仅为原来整座寺院的一小部分,即清净化城塔院。 1979年北京市政府宣布西黄寺为北京市重点文物保护单位。1983年西黄寺被国务院列为汉族地区佛教全国重点寺院。2001年清净化城塔院被国务院公布为第五批全国重点文物保护单位。
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